ساخت بیمارستان مرکز طبی کودکان در سال 1337 توسط مرحوم دکتر حسن اهری پیشنهاد شد. ایشان فکر ساخت این مرکز را رهاورد سفری دانست که به همراه مرحوم دکتر محمد قریب، بنیانگذار طب نوین اطفال ایران، به شهر مونترال کانادا برای شرکت در نهمین کنگره بین المللی بیماری های کودکان داشتند. در این سفر ایشان از بیمارستان های کودکان آن شهر و شهر تورنتو و چند مرکز علمی ویژه کودکان در امریکا بازدید داشتند. از آن جایی که بسیاری از آن مراکز توسط نیکوکاران با توان مالی متفاوت حمایت می شد ایشان در تحقق این هدف بر روی کمک افراد و سازمان های نیکوکار برنامه ریزی کرده و به عنوان اولین گام اندوخته خود را در فروردین سال 1340 برای این منظور اهدا کرد. پس از آن با ارائه شواهد و آمار موجود در مورد مرگ و میر و شیوع بیماری های کودکان به نیکوکاران نظر آن ها را جهت ساخت این مرکز جلب نمود.
همکاری دکتر فرهاد و دکتر قریب در تحقق این هدف نیز تاثیر به سزایی داشت. اما از آن جایی که این مبالغ نمی توانست پاسخگوی هزینه های ساخت و تجهیز این بیمارستان باشد، به ناچار از سازمان های ملی و دولتی استمداد طلب کردند. سرانجام موضوع ساخت این مرکز در برنامه سوم دولت وقت قرار گرفت و مسئولیت اجرای این طرح در دی ماه 1340 به خود دکتر اهری واگذار شد. ایشان در طراحی این بیمارستان از نقشه بیمارستان های اطفال کانادا، امریکا و سوئیس الگو گرفت و بالاخره در مهر ماه سال 1342 عملیات ساختمانی بیمارستان آغاز شد. در ساخت و تجهیز این بیمارستان علاوه بر کمک خیرین، سازمان برنامه وقت، دانشگاه تهران و جمعیت شیر و خورشید ایران مشارکت داشتند و خرید تجهیزات خارجی بیمارستان با واسطه صلیب سرخ جهانی صورت گرفت و بدین ترتیب صرفه جویی قابل توجهی در صرف اعتبارات آن به عمل آمد. دکتر اهری همزمان با تصویب طرح ساخت این مرکز جمعیتی را به نام جمعیت طرفداران مرکز طبی کودکان تشکیل داد که اولین جلسه این جمعیت در آذر ماه 1340 تشکیل و در سال 1344 به ثبت رسید و دارای شخصیت حقوقی شد.
در آبان ماه سال 1346 با جلب نظر مسئولین دانشگاه تهران و تصویب آئین نامه های مربوطه اداره مرکز به جمعیت طرفداران مرکز طبی واگذار شد و جمعیت نیز مسئولیت آماده سازی و افتتاح مرکز را بر عهده گرفت. سه ماه پس از این واقعه یعنی در 28 اسفند ماه 1346 مصادف با عید سعید غدیر دو واحد درمانگاهی فیزیوتراپی و دندانپزشکی این مرکز نیز افتتاح شد و به دنبال آن در اردیبهشت سال 1347 درمانگاه بهداشت کودکان و در شهریور همان سال درمانگاه بیماری های کودکان و بخش یک بستری بیماران آماده گردید. سرانجام در پانزدهم آبان ماه سال 1347، سایر بخش های بیمارستان، آماده و بیمارستان رسماً افتتاح شد. در ابتدا بیمارستان با بخش های عفونی، کلیه، خون، غدد، جراحی، اورژانس و درمانگاه های تخصصی شروع به کار کرد، اما به تدریج با پیشرفت علم و تکمیل کادر علمی بیمارستان، بخش هایی همچون گوارش، ایمونولوژی و آلرژی، قلب، نوزادان، روماتولوژی، اعصاب، جراحی اعصاب، اورولوژی، اورتوپدی و سایر بخش های فوق تخصصی و پاراکلینیک به آن اضافه شد.
امروز مرکز طبی کودکان با بیش از 350 تخت فعال در همه رشته های تخصصی و فوق تخصصی بیماری های کودکان به عنوان بیمارستان مرجع کودکان-قطب علمی طب کودکان کشور ارائه خدمت می کند.